Egy évvel járunk a Shadow of Chernobyl eseményei előtt. A Zónát egymással háborúzó frakciók népesítik be, melyek közül kiemelkedik a Tiszta égboltnak nevezett csoport. Őket ugyanis nem a hatalom vagy a pénz motiválja, hanem a tiszta, emberiség javát szolgáló tudás.