A külső nézetes, fedezékrendszerrel megtámogatott lövöldében az 1960-as évek paranoid világába csöppenünk, mikor mindenki, ebbe beleértve az amerikai kormányt is a Szovjetunió támadásától rettegett. Hogy a vezetés a helyzet magaslatán maradjon létrejött az XCOM alakulat, melynek az a célja, hogy a megmagyarázhatatlan, talán a vörösökhöz köthető eseményeknek nézzen utána, s ha kell, tusolja el a történteket ezzel megőrizve a köz nyugalmát -- a megbízatásokról azonban hamar kiderül, hogy nem az oroszok, hanem a földönkívüliek vannak a spájzban.
Játékosokként egy bizonyos William Carter különleges ügynököt fogunk alakítani, aki személyre szabható csapatával száll szembe a megszálló erőkkel. A siker célja a taktikus megközelítés, az idegen technológiák ügyes használata, valamint a csaptunk okos kezelése. Természetesen itt is halandóak a társaink, így érdemes óvatosnak is lenni.
