A történet középpontjában Siwai Bayek áll, aki nem csak az egyik első asszaszin, hanem egyike az utolsó Medjayoknak, a fáraó érdekeltségeit védő sivatagi harcosoknak. Ellenfelei viszont nem kifejezetten a Templomosok, hanem az Order of the Ancients, vagy magyarosan az Ősök Rendjének tagjai. Ezek az arcukat ősi fáraók és istenek maszkjai mögé rejtő alakok irányítják Egyiptomot a háttérből.
Az Assassin's Creed: Origins sok tekintetben megújult elődjeihez képest. A sorozat egyik védjegyének számító Eagle Visiont kivették, helyét a Senu nevű sas vette át, aki afféle ősi drónként funkcionál a játékban, őt irányítva deríthetjük fel a környezetet.
A játék harcrendszere is megújult, dinamikusabb lett, kikerült az egygombos megoldás és immár közelebb áll a Witcher-széria harcrendszeréhez. A játékterület hatalmas, méretei az Assassin's Creed 4: Black Fag térképével vetekszenek. A program fejlődési rendszert, megmászható magaslatokat és felkutatható sírokat szintén tartalmaz, ezáltal még érdekesebbé téve a felfedezhető területet.
