A Xenonauts 2 több területen is fejlődik az első részhez képest. A leglátványosabb az, hogy a Xenonauts 2 már 3D-s grafikát fog használni, ezzel azok kedvére téve, akik az első rész és annak izometrikus nézete miatt panaszkodtak -- az igazi változások azonban a felszín alatt keresendőek. Kibővített felszíni- és légi küzdelmet kapunk, szerteágazóbb fejlődést, valamint teljesen áttervezik az ellenfeleket, akik okosabbak lesznek és nagyobb kihívást jelent majd az ellenük vívott harc.