A Mutants in Manhattan minden felnőttet visszavisz a gyerekkorába, amikor hétvégente kötelező programként szerepelt a TV előtti gubbasztás, hogy kiderüljön, hogyan győzi le Michelangelo, Donatello, Rafaello és Leonardo a gonosz Zúzót, és más ellenségeket. A programban mind a négy teknőcöt irányításunk alá vehetjük, ami már csak azért is jó dolog, mert mindegyikük egyedi harcstílust kapott.
A játék emellett alkotói szinten is kötődik az eredeti művekhez, ugyanis a történetet a több Tini Nindzsa Teknőc-képregényt is jegyző Tom Waltz írja, a dirigálást pedig Eiro Shirahama, a The Legend of Korra és a Mega Man X8 játékok készítője vállalta magára.
