Most viszont kiderült, hogy a gép 3D-s képességei kikapcsolhatóak lesznek. Mindezt Ivata Szatoru, a Nintendo elnöke fedte fel a Forbes-nak adott interjújában. Ivata szerint a térhatású kép árthat a kisgyermekek szemének, és ez semmiképp sem nézhető tétlenül egy olyan családbarát vállalat részéről, mint a Nintendo.

A 3D-s képpel való játék negatív hatásait a cég már egyszer a saját bőrén tanulta meg, emlékezzünk csak a hatalmasat bukó Virtual Boyra. A kikapcsolható 3D egyébként alátámasztja azokat a pletykákat, melyek szerint a 3DS a Sharp fóliás kijelzőjű technológiáján alapszik. A módszer lényege, hogy a képernyőn egy újabb réteg "rakja össze" a több nézőpontú képet a szemüveg helyett, így keltve a 3D-s tér hibátlan illúzióját.