A korábbi Killzone epizódokkal ellentétben, a Killzone: Shadow Fall fejlődési rendszere nem XP-alapú, hanem különféle kihívások (challenge) teljesítésével tudunk szintet lépni. Ha teljesítünk egy feladatot, azért pontok járnak, valamint kaphatunk fegyverkiegészítőket és a képességeket, illetve külső megjelenésünket érintő fejlesztéseket is. A játék megjelenésekor több mint 1500 kihívást tudunk majd teljesíteni, az egyszerűbbektől kezdve az egészen speciális feladatokig. Lesz például olyan, hogy semmisítsünk meg egy lövegtornyot, illetve olyan is, hogy öljünk meg egy ellenfelet lézeres taposóakna segítségével, miközben náluk van a beacon.
A Killzone: Shadow Fallban debütál az úgynevezett Combat Honor pontrendszer, amely bizonyos számú pont megszerzése után aktiválódik, és addig tart, amíg ki nem lépünk a játékból. A játékidő alatt a pontok folyamatosan gyűjthetők és összeadódnak. A saját (custom) warzone beállításaiban természetesen ez a lehetőség is ki-bekapcsolható.
A fegyverekre két különböző, eszközspecifikus kiegészítőt tehetünk egyszerre: lesz olyan lőszerszám, amire nem szerelhetünk gránátvetőt, míg mások esetében gránátvetőt és lőszertípust is választhatunk. Minden fegyverhez gyakorlás szükséges, nem lesznek visszarúgás-mentes, illetve automata célzást biztosító eszközök.
Ahogyan a Killzone: Shadow Fall Gamescomon megjelent multiplayer előzetesében is láthattuk, használhatunk pajzsokat a játékban. Ezek a nanopajzsok képesek megállítani az ellenséges tüzet, viszont a saját lövedékeink áthatolnak rajtuk. A fegyvereken használt EMP-kiegészítők semlegesíteni tudják a pajzsokat, valamint mi magunk is lebonthatjuk őket, ha tovább nincs rájuk szükség. A saját warzone beállításainkban a pajzsok megléte is állítható.
Érdekes újítás az úgynevezett Spotlight rendszer, amely lehetővé teszi, hogy a meccs végén örömtáncot járjunk. Minden kör végén megjelenik a nyertes csapat legjobb három játékosa, valamint a vesztes oldal legjobb harcosa. A nyertes játékos kiválaszthat egy spotlight mozgást, így a karaktere bemutat egy gyors ünneplést. Ha nem sikerül kivitelezni a mozdulatot, akkor a vesztes játékos fog tudni bemutatni egy győzelmi táncot. A játékban alapjáraton sokféle mozdulatot találunk majd, a későbbiekben pedig még több érkezhet.
Minden warzone-nak saját toplistája lesz, nem csupán a Killzone: Shadow Fall hivatalos csatatereinek, hanem a játékosok által kreált egyedi játékoknak is. Megválaszthatjuk, hogy mely értékek látszódjanak és melyek nem, így hozva létre igazán egyedi lobbikat.
Lehetőség nyílik gép által irányított botok harcba küldésére, online és offline egyaránt. Az emberi játékosokat helyettesíteni tudják a botok, így mindig elegendő számú játékos lesz mindkét oldalon. Ha valaki a gépek ellen szeretne küzdeni, azt is meg tudja tenni az ellenfélhez beállított robotokkal, ugyanis komoly gépek kontra emberek harcmezőket is készíthetünk. Az offline módban minden ugyanúgy elérhető, viszont a kihívásokat nem fogjuk tudjuk teljesíteni, azokhoz mindenképpen online módban kell játszanunk.
A Killzone: Shadow Fall kiegyensúlyozottságának megtartása érdekében exoskeletonokat és jetpackeket nem találunk a játékban. A fejlesztők célja a fair, összeálló, megbízható játékmenet biztosítása volt, a testreszabhatóságot pedig a saját warzone-jaink kialakítása biztosítja.
