A túlélő-horror sorozat harmadik része 17 évvel az első rész után játszódik: Harry lánya, Heather felnőtt és éli a fiatal lányok átlagos életét -- igaz, apja valamiért nagyon óvja, ami néha kicsit zavarja is Heathert. A játék elején persze kiderül, mire a nagy aggodalom: feltűnik egy magánnyomozó, aki Heather származása iránt érdeklődik, a lányt...

Henry Townsend a Silent Hilltől egy napra lévő Dél Ashfieldben lakik. Egy nap bezárva találja magát a saját szobájában, az ablakok nem nyílnak, az ajtó leláncolva, a telefon nem működik. Már ötödik napja nem tud kijutni, senki nem hallja, a dörömbölést sem. A rémálmoktól gyötört Henry ekkor egy robbanást hall a fürdőszobájából, ami egy alagutat...

Alex Shepard jó katona és kiváló testvér - éppen ezért, amikor a szolgálatból hazatérve megtudja, hogy kisöccse elbóklászott Silent Hillben, azonnal utána indul. Menet közben rádöbbenhet, hogy a város nem fogja elengedni, és hogy a kistesó sem azért tűnt el, mert túl jó volt a magaviselete...