A Half-Life 2: Episode One közvetlen az eredeti Half-Life 2 után veszi fel a fonalat, amelyben Gordonnak és Alyx-nak először stabilizálnia kell a kritikussá vált Citadellát, majd el kell menekülniük a kataklizma közelébe sodródott City 17-ből. Persze mindehhez a Combine-nak is van egy-két szava.