Míg az első Watch Dogs leginkább a megfigyelésre és arra épült, hogy a technika milyen mértékben pofátlankodott be a magánszféránkba, addig a Watch Dogs 2 az úgynevezett Big Datát állítja története középpontjára, azaz azokat az adatokat, amelynek birtokában a nagyvállalatok szinte mindent tudnak rólunk, életünkről, fogyasztási igényeinkről.
Ez ellen harcol Marcus Holloway és a DedSec többi csapattagja, akik mind különböző okokból csatlakoztak eme csoporthoz. Persze nem merő jó szándékból szállnak szembe a nagyokkal, csak egyszerűen vissza akarnak vágni a csúnya vállalatokank. De természetesen a dolog egy idő után már nem lesz játék, hanem véres, kegyetlen valósággá válik, mert mint kiderül, a cégek nem szeretik, ha visszavágnak nekik.