A játék összekötő szálként funkcionál a sorozat első és második része között (innen a furcsa alcím) s Handsome Jack hatalomra jutását meséli el. A játék során négy, régi-új főszereplő mutatkozik be: játszható a The Secret Armory of General Knoxx DLC-ben látott Athena, a Borderlands 2-ből Wilhelm, Nisha, Lynchwood seriffje, sőt Claptrap is...