A sztori szerint az emberiség végrehajtja az első űrugrást, azonban a kísérlet túl jól sikerül: hősünk űrhajója a legénységgel együtt az űr ismeretlen sarkába kerül, tele idegen civilizációkkal, ősi rejtélyekkel és végtelen lehetőségekkel.
Feladatunk tehát, hogy rendszerről rendszerre haladva hazatérjünk, miközben új világokat fedezünk fel, és szövetségeseket gyűjtünk, segítséget szerzünk, erőforrást után kutatunk – ám jól meg kell fontolnunk lépéseinket, hiszen azok kihatással lehetnek úgy a saját sorsunkra, mint a galaxiséra. Ebben egyébként legénységünk is segít, akik tanácsokkal látnak el és egyéni képességeiket kamatoztatják. A TRANSCOM egységnek hála pedig kapcsolatba léphetünk idegen fajokkal is – a srácok egy egyedi dialógusrendszert készítettek, amely egyre bővülő szókinccsel teszi lehetővé a kommunikációt és a diplomáciai lépéseket. Amennyiben pedig sikerül hazatalálnunk, tovább folytatódhat a kaland hiszen minden új játék új csillagrendszereket kínál, kedvenc helyeinket pedig megoszthatjuk barátainkkal is. És még ha ugyanaz is lesz a célállomásunk, a hosszú út hazafelé sose lesz az...
A játék ihletője egyébként Pascal Blanché egyik koncepciórajza volt – róla azt kell tudni, hogy egy nemzetközileg elismert művész, dolgozott a Ubisoft Montrealnál is, mint művészeti vezető, a Jagexnél az új Runescape vizualitásának kialakítását végezte el, most pedig a Project Daedalus fejlesztését segíti. A játék zeneszerzője pedig nem más, mint Kai Rosenkranz, a Gothic-játékok komponistája.
