Az XCOM 2-ben az idegenek átvették az irányítást az emberiség felett, de nincs minden veszve, az XCOM hamvaiból feltámadt, maroknyi csapat a vezetésünk mellett gerillaharcot vív az elnyomással szemben. Mindezt egy mozgó, átalakított földönkívüli csapatszállítóból fogjuk tenni, amely ugyan hasonlóan működik, mint az első részben látott létesítmény, nem árthat egy körtúra.