A Jewel of the Nile története az alapjáték kampányának kellős közepén játszódik, s azzal bízza meg a játékosokat, hogy a Philae szigetén található Isis templomban találjanak meg egy roppant erős ereklyét, ami képes lehet megfordítani a háború állását a Földet megszálló Mental seregei ellen. A templomot azonban szörnyek egész hada őrzi, amik között feltűnik majd két klasszikus ellenfél -- na persze nem kell féltenünk a jó öreg Sam "Serious" Stone-t, hiszen a meglévő arzenálja mellett az alapjátékban elrejtett lézerfegyver és mesterlövészpuska rögtön a kezében lesz, ezzel valamelyest megkönnyítve a továbbjutást.
