A játék története 14 hónappal az első rész fináléja után veszi fel a fonalat, mikor James Heller hazatér az afganisztáni háborúról egy békés élet reményében, ám azzal kénytelen szembesülni, hogy Alex Mercer véletlenül megölte a feleségét és lányát. Heller összetörten csatasorba áll, és a legrizikósabb küldetéseket is bevállalja, hiszen meg akar halni, de a sors iróniája, hogy minden egyes megbízatást sikeresen teljesít, sőt mikor végezetes sebet kap és már kész a halálra, Alex Mercer megmenti.
Az előző játék főhőse New York utcáit járva valamilyen rejtélyes okból kifolyólag mindenfelé terjeszti a Blacklight vírust. Megfertőzi Hellert is, aki a felépülését követően, mutánsképességekkel a tarsolyában elindul megállítani Mercert, maga mögött pusztítást és egy halomnyi hullát hagyva csak.
Az előző játék főhőse New York utcáit járva valamilyen rejtélyes okból kifolyólag mindenfelé terjeszti a Blacklight vírust. Megfertőzi Hellert is, aki a felépülését követően, mutánsképességekkel a tarsolyában elindul megállítani Mercert, maga mögött pusztítást és egy halomnyi hullát hagyva csak.
Nekem az első rész nagyon bejött minden téren, igaz ugyan, hogy hamar meg tudtam unni, de azért kellemes perceket képes okozni máig is, ha néha napján előveszem egy kis henteléses rombolás erejéig. Azt, hogy kevés benne az újdonság mág korai megállapítani. Stílusában tény, hogy ugyanaz, a képességek hasonlóak, a város ugyanaz, a hangulat, a brutalitás, de ez véleményem szerint így jó, mert ezek miatt szerettük is az első részt. Valószínűleg nem akarnak nagyon kockáztatni a srácok, mégiscsak ez volt az első saját "termékük" és haladnak a kitaposott ösvényen, remélhetőleg pont annyi újdonsággal amire szükség van és azokat az elemeket megtartva amik miatt kedveltük a Prototype- ot.
Khééooosz......Disztrooooooy
Hogy nem fejlődött?...Szemüveget nekik!
Én most csomó fejlődést látok, és egyébként is nagyon várom