Kodzsima Hideo maximalizmusának köszönhetően nem sok kifogásolnivaló merül fel a Metal Gear Solid 5: The Phantom Pain esetében, azonban a kiadó Konami most közzétett egy figyelmeztetést egy meglehetősen bosszantó buggal kapcsolatban. Ugyanis ha a Mission 29 vagy a Mission 42 küldetések során a szótlan mesterlövészt, Quietet választjuk magunk mellé kísérőnek, akkor helyreállíthatatlanul tönkremegy a mentett állásunk.
Until updated; please avoid playing missions 29 & 42 while using Quiet as your buddy, as this seems tied to the cause of the issue
— METAL GEAR OFFICIAL (@metalgear_en) 2015. szeptember 8.
Egyelőre a Konami szakemberi is tanácstalanul állnak a probléma előtt, és próbálják kitalálni, hogy mi okozhatja a hibát, de amíg rá nem jönnek, jobb híján csak annyit tudnak javasolni, hogy más karaktert vigyünk magunkkal az említett feladatok teljesítésére. A bug a The Phantom Pain minden kiadását érinti, így a PS4, az Xbox One, a PS3, az Xbox 360, és a PC-s tulajdonosok sincsenek biztonságban ilyen szempontból.