Bár a rajongók hosszú évekig könyörögtek egy feudális Japánban játszódó felvonásért, az Assassin's Creed Shadows egyelőre csak ellenszenvet képes kiváltani a játékosok egy részéből, méghozzá az egyik főszereplő, a színes bőrű Yasuke miatt, aki ugyan a valóságban is létezett, de közel sem volt ennyire fontos figura - bár akad, aki szerint mégis. Az emberek szerint a Ubisoft ezzel a lépéssel kvázi fityiszt mutatott a japánoknak, a dolog pedig odáig fajult, hogy még egy petíciót is indítottak a program törlése céljából.

A Ubisoft most reagált a Yasuke körüli balhéra és hivatalos közleményt adtak ki. "Soha nem állt szándékunkban, hogy az Assassin's Creed-játékok bármelyikét a történelem vagy a történelmi karakterek tényszerű ábrázolásaként mutassuk be" - írta a Ubisoft, akik hozzátették: "Bár Yasuke az Assassin's Creed Shadowsban szamurájként van ábrázolva, elismerjük, hogy ez viták tárgyát képezheti. Ezt gondosan beleszőttük a narratívába, a másik főszereplőnkkel, a japán shinobi, Naoe történetével egyetemben". A kiadó végül azzal magyarázta a karakterválaszást, hogy éppen Yasuke titokzatos élete volt számukra a legvonzóbb. "Egyedi és titokzatos élete ideális jelöltet tett belőle egy Assassin's Creed történet elmesélésére, amelynek hátterében a feudális Japán áll" - jegyezték meg.