Miután sikerült szétcseszned Rapture-t azzal, hogy kinyírod Andrew Ryan-t, és aranytálcán adod át Fontaine-nek, akkor ő hálából rádszabadítja a biztonsági rendszert. Szerencsére két ExLittle Sister a segítségedre siet, és mutatnak egy kis menekülőutat. ( Különben kicsit benézed a dolgokat, és zuhansz egy darabot... ) Amikor magadhoz térsz, Tenenbaum köszönt téged, "Üdvözöllek gyermekem abban a városban ahol születtél" itt úgy mond egy nagymonológot, közben te szemlélheted az ari ExLittle Sisterek hordáit. ( Az oszlop mellett üldögél egy, akinek ha ellopod a csokiját, rádszól: "Hey, That's mine" ) Tenenbaum közben közli veled, hogy sikerült eltávolítania néhány kódot a fejedből, ( pl.; a Would you kindly parancsot ), de közel sem mindet. Így azt tanácsolja, hogy menj el Dr. Suchong ( tudod, ő alkotott meg téged ) lakására, és járj utána a múltadnak, illetve szerezz ellenszert. Nos miután kilépsz Tennebaum bunkeréből, Fantaine rád is nyomul; "blabla, látom megmenekültél, blabla, menj, és tapostasd agyon magad egy Big Daddy-vel, Would you kindly! Mondom Would you kindly! Látom Tyúkanyó ( Tennenbaum, mothergoose szabadfordítása ) kiszedett néhányat a prancsaim közül, blabla, akkor ezt figyeld: code yellow" Akkor itt egy pillanatra bevörösödsz, és az életerőd nekilát csökkeni, én itt fokozott tempóban megkerestem az ellenszert, ami annyit segített, hogy most a plasmidjaimat tette instabillá, oszt azok kedvük szerint változgattak, amíg meg nem találod a második ellenszert. ( különben így nyomulni is tök poén, így én egy Big Daddy-t is lenyomtam! ) Hát ennyi volna, summarum: A code yellow egy olyan parancs, ami csökkenti az életerődet. Ha valaki az előzményeket is el akarná olvasni, ajánlom neki előző hsz-eimet.

A játék kezdetén ugye lezuhansz a repülővel, és Rapture városába menekülsz, ahol egy Andrew Ryan nevezetű idealista/őrölt ( kinek hogy tetszik ) uralkodik. "Szerencsére" egy Atlas nevezetű helybeli, ( akiről Andrew Ryan azt állítja, hogy terrorista/parazita ) szárnyai alá vesz. Ő elmondja, hogy volna neki egy családja, kit Andrew Ryan elrabolt, meg ilyenek, és ha már úgyis így idepottyantál, mentsd már meg őket. Te persze "valamilyen belső parancstól hajtva" ráálsz arra, hogy teljesítsd a kérését ( légyszíves! ) A családja Neptune's Bounty-ben van, és hogy oda eljuss kénytelen vagy végigverekedni magad az egész Medical Pavilon-on. Utána jött aszem a Fishery cucc, a "halásszal" aki ügyesen csapdát állít neked ( Tudod, amikor csak a plasmidjaidat használva írthatod a népet ), merhogy Andrew Ryan lefizette. Meg valamikor beugrasz abba a kertes cuccba is. Utána eljutsz oda, ahol Atlas családját tartja fogva, ott megfigyelheted, ahogy Atlas elkeseredetten próbálja megmenteni a családját, mind az összes egy revolverével, meglehetősen sok spider splicer ( Azok a Splicerek, akik kampót szorongatnak, és azzal mászkálnak a falakon ) ellen. Útközben te is a segítségére rohansz, de ez már nem segít, Atlas családja felrobban. Innentől menekülőre fogod a dolgot, miközben végighallgathatod, hogy Atlas "szépen megkér" hogy nyírdd ki Andrew Ryan-t. Te természeten "áldott jó szívednek hála" ráálsz az üzletre, és rohansz is. Útközben segítesz egy "művésznek" elkészítenie a "mesterművét", bombát robbantasz a Hephaestus-ban, stb. és végül bejustz Andrew Ryan irodájába. Ez a játék talán egyik legjobb része; ( történetileg biztosan a legjobb része! ) Andrew Ryan közli veled azokat amiket eddig is tudtál ( család, farm, repülőgép ) aztán megkérdi, hogy mindez tényleg megtörtént-e. Ráébreszt hogy valójában egy riválisának, Fontaine-nek ( meg DR. Suchong ) teremtménye vagy, akinek az agyát telerakták parancsokkal. Ezt mindjárt demonstrálván utasít, hogy "ülj le, légyszíves, állj fel, légyszíves, fuss, állj, fordulj, ölj!" Ennek engedelmeskedve megölöd, miközben ő mondogatja a kedvenc mondatomat: "A man chooses, a slave obeys!" Ennekutána gyorsan odarohansz egy masinához, amibe egy kártyát dugva megváltod a várost, és mindenki megmenekül. Vagy nem? Kiderült, hogy Atlas cimborád valójában soha nem is létezett, mindvégig Fontaine bábuja voltál, akit a "légyszíves" paranccsal irányított. Ezért ő hálából megpróbál megölni. ( Itt jön az, amit fentebb leírtam. ) Később Tennenbaum segítségével kiszedegeted ezeket az elme kontrolláló parancsokat ( would you kindly, code yellow ), és mész kivégezni Fontaine-t. Itt eljutsz a Big Daddy, meg a Little Sister kiképző központba, aholis, hogy Fontaine után mehess Big Daddy-vé kell alakulnod, hogy egy Little Sister segítségével eljuthass hozzá. Mivel annak idején Fontaine volt az, aki üzletet csinált az ADAM-ből, neki meglehetősen sok van belőle, így egy elég tápos karakterrel lesz dolgunk. Miután minden körben legyőzted, és a Little Sisterek kis szívószerszámával kiszívtad belőle az ADAM-et, eljön a játék vége. Ja jó voltál ( Little sisterek megmentése, stb. ) akkor úgy hogy kijuttatod őket a felszínre, és ott szép boldog életük lesz. Ha pedig gonosz voltál ( Little Sisterek meggyilkolása - gondolom ) akkor te, mint a város új diktátora a világuralomra törsz.