A F.E.A.R 3 sztorija szerint Alma Wade minden korábbi próbálkozásunk ellenére életben van, sőt gyereket vár, ám ez a normál esetben áldott állapot óriási veszéllyel fenyegeti a világot, így mindent meg kell tenni, hogy kis szörnyeteg ne jöhessen a világra. A játék főszereplője, Point Man és túlvilági segítőtársa, Paxton Fettel pedig minden tőlük...