A Hidden Deep egy oldalnézetes, 2D-s akció-kalandjáték rengeteg puzzle elemmel. A sztori szerint kutatók egy csoportja különös anomáliát fedezett fel az óceán alatt egy mérföld mélyen húzódó barlangrendszerben. Oda is mentek kotakodni, ám majdnem két évvel később minden kapcsolat megszakad a csapattal. Ekkor kivezénylik Murphy-t, egy barlangi...