A Trails from Zero eseményeit követően a Különleges Támogató Szekció új tagokkal és új feladatokkal találja magát szemben. A Crossbellben növekvő feszültségek és a két szomszédos politikai hatalom nyomása azonban mind az otthonuk biztonságát, mind a csapatuk integritását veszélyezteti.

Az Ys IX: Monstrum Nox egy akci-szerepjáték, melynek a főszereplője egy átok miatt úgynevezett Monstrummá válik. Azonban minden rosszban van valami jó, főhősünk ugyanis egy sor új képességre is szert tesz ezáltal, melyeket Grimwald Nox megállítására használhat, mielőtt az elpusztítaná szülővárosát.