A Firefly Online Joss Whedon mester által megálmodott univerzumba dob be minket, ahol egy kapitányt alakítunk, akivel az a feladatunk, hogy összeszedjünk egy legénységet és csempészmissziókra induljunk mindenféle veszélyekkel szembe nézve, vagy a törvény, vagy hasonszőrű legénységek oldaláról.