Könnyen azt lehetne hinni, hogy a Star Trek-játék igazából nem szól semmi másról, mint arról, hogy a 2009-es reboot főszereplőivel kell lelőnünk mindent, ami csúnyán néz ránk. Ám erről szó sincs, ugyanis a Digital Extremes gárdája egy történetet is kanyarintott a kooperatív játékmenet köré.
Ebben egy klasszikus ellenféllel, a gorn fajjal akasztjuk össze a bajszunkat, melynek egyik tagjával annak idején a Shatner-féle Kirk kapitány már egyszer viaskodott, de azóta különösebb jelentősége nem volt ezeknek a zöld lényeknek -- nem úgy, mint most. A játékhoz költött eredeti történet szerint a vulcaniak megtalálták új otthonukat, s ahhoz, hogy belátható időn belül lakható legyen, egy különleges eszközt találtak fel, ami felgyorsítja a terraformálást -- ám ez a gép meghibásodott, s egy lyukat tépett az űrbe, ahonnan a gorn elkezdett özönleni. A gyíkok kisvártatva meg is támadták a kutatócsoportot, majd elrabolták a pusztító erővel rendelkező eszközt és vele az egyik tudóst, aki történetesen Spock régi ismerőse. A feladat tehát adott: mentsd meg a világűrt, és hozd vissza a nőt.
