Folytatódik a felzárkóztató, a második részben Sam három nagyon kemény küldetésével kapcsolatban frissíthetitek fel az emlékezeteteket. A közös nevező eme játékokban, hogy az események komolyan próbára teszik Sam Fishert, mint embert, hiszen régi barátok árulásával kell megbirkóznia, hazugságokat lenyelnie, s olyan szabályokat áthágnia, amiről még ő maga sem gondolta volna, hogy valaha is képes lesz rá. Ezek azok a missziók, amik formálták a karaktert, s olyanná tették, amit az augusztus 27-én megjelenő Splinter Cell: Blacklistben még jobban megismerhetünk majd.
Splinter Cell: Chaos Theory
A naptár 2007-et mutat, a világ pedig egy újabb globális háború szélére sodródott. A krízis ezúttal a távol-keleti térségben alakult ki, ahol Kína és Észak-Korea blokádot állított fel Japán körül, miután úgy vélték, hogy az ország megsértette a második világháború után aláírt alkotmányt (mely kimondja, hogy Japánnak nem lehet olyan hadiereje, ami a határain túlra támadást tudna indítani) az ISDF felállításával. A bajt csak tetézi, hogy a térségben kialakult feszültség enyhítésére az Egyesült Államok hadseregének is be kell avatkoznia egy Japánnal kötött megállapodás értelmében -- mindez egyelőre azonban nem foglalkoztatja különösebben a Third Echelont, ugyanis fontosabb feladat vár rájuk. Peruban rábukkannak egy bizonyos Bruce Morgenholt nyomára, akit a helyi forradalmárcsoport foglyul ejtett annak reményében, hogy kiszedhetnek belőle minden fontos információt a grúziai információkrízis során használt algoritmussal kapcsolatban. A bevetés során Sam megtudja, hogy az emberrablást végrehajtó, majd az áldozatot halálra kínzó, The People's Voice néven ismert csoportot egy harmadik fél bérelte fel, mely komoly, csúcstechnikájú fegyverekkel fizetett. Az alakulat vezetője, Hugo Lacerda az információk megszerzése után a Maria Narcissa fedélzetén hagyja el Perut, ám sokáig nem jut, ugyanis Fisher követi a hajóra, ahol újabb értékes fegyvereket talál, melyek egy panamai bankkal hozhatók kapcsolatba. Sam az alkalmat kihasználva megöli a körözött Lacerdát.
A következő úti cél tehát az a bizonyos panamai bank, melyben korábban már megfordult hősünk, még 1989-ben, egy CIA-bevetés során -- a feladat ezúttal azonban bonyolultabb, ugyanis bankrablásnak kell álcázni az információgyűjtést. Ebben segít az ilyen feladatokra specializálódott Thomas Standish, akivel sikerül kideríteni, hogy Morgenholt munkáját Abrahim Zherkezhi segítette, s egy Dvorak nevezetű illető is részt vett a pusztító kódok visszafejtésében. A sikeres akciót követően Sam New Yorkba utazik, ahol egy rejtélyes áramkimaradás fogadja, mely az egész keleti partot és Japánt is érinti. Valószínűsíthető, hogy ismeretlenek a Masse Kernelt vetették be, ahhoz azonban, hogy erről megbizonyosodhasson a kormány, bizonyítékokra van szüksége. Sam így átkutatja Zherkezhi New York-i apartmanját, ahol kiderül, hogy a helyet a Displace International védi Milan Nedich parancsára, a Panamában feltűnt Dvorak pedig nem is ember, hanem egy masina, amin a Masse Kernel fut.
A Displace International Sam régi bajtársa, Douglas Shetland vezetése alatt működik, a PMC pedig több esetben is kisegítette már az Államokat (többek között a Pandora Tomorrow incidens során is), így váratlan fordulat, hogy közük van a harmadik világháborút beindítani képes eseménysorozathoz. A cég főhadiszállásának átkutatása azonban mégis további erre utaló nyomot hoz felszínre, s kiderül az is, hogy Milan Nedich valójában Milos Nowak, a boszniai szabó néven elhíresült háborús bűnös, aki Hokkaidón foglyul ejtette Abrahim Zherkezhit. A szigetre érkezve Sam behatol a rejtekhelyre, ahol Nedich kifaggatása után megtudja: Shetland -- aki nem sokkal korábban munkát ajánlott Samnek -- tervelte ki a Masse Kernel megszerzését és továbbadását. Sam ezután megöli Nedichet, ám ekkor megérkezik a helyszínre Shetland, aki hidegvérrel kivégzi az értékes információkat tudó Zherkezhit, majd elmenekül.
Shetland nyomtalanul eltűnik, így ameddig a Third Echelon minden erejével keresi, Sam újabb küldetést kap, melynek során az ügynökség immáron aktívan belecsöppen a sárga-tengeri krízisként ismert eseményekbe. A térségben a helyzet pattanásig feszült, miután a USS Clarence E. Walsh elsüllyedt egy észak-koreai rakétatámadás során. A támadást indító bázisba történő behatolás után azonban világossá válik, hogy a rakétabázis rendszerét feltörték -- a támadás Szöulig vezethető vissza. Itt Sam nyomára bukkan annak a gépnek, amin keresztül elvégezték a hackertámadást, majd megszerzi az erre vonatkozó bizonyítékokat is, amik Japánig vezetnek. Időközben Észak-Korea háborút hirdet déli szomszédja ellen és elfoglalja a demilitarizált zónát, amire válaszul újabb rakéta indult útjára északról, ám ezt sikerül még időben hatástalanítani, kissé kitolva a világméretű háború kezdetét.
A koreai kirándulás után váratlanul újra feltűnik Shetland, mégpedig Japánban, ahol üzletet készül kötni egy fürdőben. A helyszínre érkezve kiderül, hogy Shetland valójában együttműködött a japánokkal, akik készek átvenni a Masse Kernelt, ám úgy, hogy ezért nem fizetnek. A vita során tűzharc alakul ki, melynek egyik túlélője maga a zsoldosvezér -- Sam üldözőbe veszi és a fürdő tetején újra szemtől szemben állnak egymással. Shetland elmagyarázta, hogy mekkorát csalódott az Egyesült Államokban, melyért a vérét ontotta oly sok éven át, így arra az elhatározásra jutott, hogy világháborút robbant ki, abban a reményben, hogy ebből megváltozva jöhet ki hazája. Szerinte ha valaki, akkor Sam biztos megérti a céljait, hiszen hasonló életpályát írtak le, s bízik abban, hogy nem fogja lelőni őt. Samnek ez nem is állt szándékában, le is engedi a fegyverét, ám Shetland ezt kihasználva nekiugrik, amit Fisher rutinszerűen hárít: hasba szúrja támadóját, majd lelöki a tetőről. A fenyegetésnek azonban ezzel még nincs vége: a fürdőbeli tűzharc során a Masse Kernel Otomo admirális kezébe került, aki tántoríthatalan: a terve az, hogy a japán kormányt a második világháború utáni alkotmány eltörlésére kényszeríti, s hogy nyomatékosítsa követelését, egy észak-koreai rakétát szándékozik indítani hazája egyik városa ellen.
Sam engedélyt kap rá, hogy lekapcsolja Otomót, de élve kell visszahoznia, hiszen így véget lehet vetni a krízisnek. A Masse algoritmus hatástalanítása után Sam az irodájában találja meg az admirálist, aki sikertelen küldetése után szeppukut hajtott végre, ám az életét sikerül megmenteni. Elfogása után hadbíróság elé állítják, ezzel lezárva a sárga-tengeri krízist.
