Nem sokkal a Mass Effect 3 megjelenése után kirobbant a nagy botrány, melynek középpontjában a játék befejezése állt. A feldühödött rajongók finoman szólva nem voltak megelégedve azzal a lezárással, amit kaptak, s annak rendje és módja szerint petíciót és gyűjtést rendeztek, hogy a fejlesztők megváltoztassák a finálét, sőt volt olyan csoport is, akik feljelentették az EA-t megtévesztő reklámozásáért.

A vádat az Egyesült Királyságban működő Advertising Standards Authority (ASA) vizsgálta ki, és arra megállapításra jutottak, hogy az EA nem hazudott, mikor az Mass Effect 3-at reklámozta.

„Az ASA elismeri: a játékosok úgy vélték, hogy a döntéseik nem befolyásolták akkora mértékben a játék végkimenetelét, mint ahogy azt az EA ígérte, ugyanakkor a három lehetséges finálé egészen eltér egymástól, ezek feloldását közvetlenül a játékosok teljesítménye határozza meg, ami kapcsolatban van az előző játékokban véghezvittekkel.

Noha a reklámozás során az EA különös hangsúlyt fektetett a játékosok szerepére, s a döntések fontosságára, a legtöbb játékosnak rá kellett jönnie arra, hogy véges számú befejezésre számíthat, és észben tartva, hogy a reklámozók bemutatták, hogy a korábbi döntéseink befolyással vannak a fináléra, arra a megállapításra jutottunk, hogy a promóció nem volt félrevezető.”

A BioWare jelenleg a játék befejezését tisztázó, ingyenes DLC-n dolgozik, ám még nem tudni, hogy ez mikor fog elkészülni, és pontosan mit fog tartalmazni. Egy pletyka szerint egy epilógusgyűjteményről van szó, ami megmutatja Shepard döntésének következményeit.