Már az Injustice első részében is felborították a hősök és gonoszok megszokott sémáját, de úgy tűnik, a NetherRealm tovább bonyolítja a helyzetet, amikor a korábban világuralomra törő Superman kitör a börtönből, és Batman utána ered. Csakhogy nem mindenkit követnek a régi szövetségesek, és egy új ellenfél is színre lép.
Az új trailerben Superman fájdalommentes halált ígér Batmannek és ultimátumot küld Supergirlnek, Wonder Woman Harley Quinn-nel és Wayne-nel is ölre megy, Robin meg egyszerűen csak állatnak nevezi egykori harcostársait. Az univerzum végleg felborult, miközben az előrendelőknek ajándékba adott Darkseid meg úgy ölti fel páncélját, mintha csak ő lenne Iron Man gonosz kistestvére.