Az XCOM: Enemy Unknown minden bizonnyal a taktikus játékmenet és a komoly kihívás miatt várós elsősorban, ám a fejlesztők szerint van egy olyan aspektusa a játéknak, ami felett sokan elsiklanak, mégpedig a sztori. Bár az eddigi UFO-játékokban a történet csak arra volt jó, hogy megmagyarázza, mit miért teszünk, a projekt főtervezője, Jake Solomon állítja, hogy az új Enemy Unknown egy komoly narratívával felépített program lesz.

"A narratíváról eddig egyáltalán nem beszéltünk. Bár az XCOM nem egy Mass Effect, igenis van története, és filmszerű jelenetek is szép számmal akadnak benne. Elég jelentős része a játéknak, amiről még semmit sem árultunk el, így teljesen új élményként éri majd a játékosokat." -- fogalmazott Jake a Rock, Paper, Shotgunnak adott interjújában.

Továbbá kesergett egy sort, amiért nem lehet nagy meglepetésekkel szolgálni a játékiparban, mert ha valamiről nem beszélnek, akkor a sajtó rögtön rossz jelnek tekinti a dolgot, ha pedig mindent megmutatnak, oda az újdonság varázsa. Ugyanakkor az Enemy Unknownból még így is relatíve keveset láthattunk, például egy rakás olyan lény van a programban, amik csak a megjelenéskor fognak bemutatkozni.